Ο καφές μπορεί να προκαλέσει αυτοάνοσα νοσήματα. Πρόσφατη έρευνα δείχνει ότι διάφορες μορφές αυτοάνοσων ασθενειών συνδέονται με την κατανάλωσή του. Η αλήθεια είναι όμως ότι δεν ευθύνεται μόνο ο καφές. Σημαντικό ρόλο παίζει το πώς φτιάχνεται, το πώς μεγαλώνει και το πώς σερβίρεται.
Πρόσφατη μελέτη διαπίστωσε ότι η κατανάλωση καφέ συνδέεται με ρευματοειδή αρθρίτιδα, διαβήτη τύπου 1, θυρεοειδίτιδα Hashimoto και κοιλιοκάκη. Η ίδια μελέτη διαπίστωσε ότι ο καφές μπορεί να επιδεινώσει τη γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση. Άλλες μελέτες έχουν διαπιστώσει ότι ο καφές μπορεί να αντιδράσει με τη γλουτένη και ότι ορισμένοι στιγμιαίοι καφέδες είναι πραγματικά γεμάτοι με γλουτένη.
